Desavantatges d'una caldera aquotubular:
1. Cal tenir més cura amb la qualitat de l'aigua d'alimentació.
2. Es necessiten sistemes de control més complexos per al nivell del tambor a causa dels espais d'aigua més petits.
3. Els operaris han de ser més ràpids quan hi ha una alteració perquè tot succeeix més ràpid amb una caldera aquotubular.
4. A diferència de les calderes pirotubulars, aquests sistemes de calderes no poden fabricar-se de manera empaquetada. Per tant, el seu procediment d'instal·lació en el lloc de treball tendeix a ser comparativament difícil i requereix molt de temps.
5. La instal·lació i el cost inicial d'aquests sistemes de calderes és molt elevat.
6. Encara que es poden utilitzar diversos cremadors alhora per aconseguir un sistema flexible, l'ús de més de 30 cremadors a les plantes de generació d'energia s'evita generalment causa de la major complexitat.
7. A diferència dels sistemes de calderes pirotubulars, les calderes aquotubulars no estan disponibles en versió física de mida compacte. A més, el seu procés de neteja és bastant complicat.
8. A més, la substitució dels tubs no és possible en les calderes aquotubulars, ja que no existeix cap acord entre els dissenys dels tubs.
